První obyvatelé dorazili do oblasti Pražské kotliny ve starší době kamenné, ovšem Slované, coby současní obyvatelé, osídlili toto území mezi 5. a 6. stoletím. Během období vlády Přemyslovců vyrostla na skaliscích nad Vltavou první dvě hradiště. V 9. století byl založen Pražský hrad a v 10. století Vyšehrad. K prvním českým panovníkům patřil i sv. Václav, po tisíc let považovaný za patrona České země. Románské památky, vzpomínky na vládu Přemyslovců, symbolizuje Jiřský klášter na Pražském hradě a četné rotundy rozeseté po Praze.
Ve 12. století se v podhradí objevilo obchodní středisko, kde se kromě Čechů usadili též Němci a Židé. Městu dalo jméno nejspíše právě toto centrum, které se se svými zpevněnými prahy nacházelo na brodu řeky Vltavy. Podhradí na levém břehu řeky Vltavy se nazývá Malá Strana a dnes je populární především díky svým malebným uličkám, zahradám, hospůdkám a měšťanským domům. Druhá strana řeky se nazývá Staré Město, k němuž přiléhá židovské město. Rozvoj této části Prahy se pojí s gotickým obdobím, kdy vyvrcholila vláda Karla IV. Lucemburského. Tento panovník povýšil Prahu na hlavní město Evropy a stavebně jej obohatil o Nové Město, kde se nalézá Václavské náměstí a Národní třída. Roku 1348 založil Karel IV. univerzitu nesoucí jeho jméno a postavil kamenný most jako spojnici mezi Malou Stranou a Starým Městem. Karlův syn, Václav IV., byl svědkem šíření církevní reformace, se kterou se pojí jména jako Jan Hus a Jan Želivský.
Nový rozkvět současného hlavního města nastal za prvních Habsburků, především za vlády Rudolfa II., který nechal Prahu povýšit na císařské sídlo. Na Pražském hradě i v jeho okolí vyrostly nové paláce, z Prahy se na čas stalo centrum evropské vzdělanosti a kultury, jejímž důkazem byla Rudolfova proslulá umělecká sbírka. Po jeho smrti se však do čela dostali opět jen místodržící, kteří svou vládou místní obyvatele značně neoslnili. Během krátké doby došlo k bitvám, plenění a kapitulaci města. Záhy utekly do zahraničí tisíce evangelíků, jejichž majetek nabyli Lichtenštejnové. Všeobecný úpadek, který Prahou vládl, byl zakončen třicetiletou válkou.
Katolická protireformace 2. poloviny 17. století se pojí s barokním stylem, který se podepsal na dnešní podobě města Prahy. V té době vznikla řada barokních chrámů, paláců a měšť